Bio-informaticien H/F

Hôpital Henri Mondor (aphp)

  • 1 Rue Gustave Eiffel, 94000 Créteil, Ile de France
  • CDI
  • 27/11/2021

L'établissement

Le Groupe Hospitalier est constitué de cinq établissements au Sud Est de Paris : Henri Mondor, Albert Chenevier, Emile Roux, Joffre Dupuytren et Georges Clemenceau.

 

Les Hôpitaux Universitaires Henri Mondor sont structurés en 8 départements médicaux universitaires (DMU) :

DMU Biologie

DMU Cancer et Spécialités                                              

DMU CARE

DMU Fonctions Images et Interventionnel Thérapeutique (FIxIT)

DMU Gériatrique

DMU Impact

DMU Médecine

DMU Santé Public - Recherche - Pharmacie

 

 

DMU       

INTITULE : DMU BIOLOGIE-PATHOLOGIE

 

 

Accrédité par la section santé humaine selon la norme NF EN ISO 15189 et les règles d’application du COFRAC sous le numéro 8-3372

 


ACTIVITE

 

Le DMU Biologie-Pathologie constitue le LBM unique des Hôpitaux Universitaires Henri Mondor.

 

Il réalise et de développe les examens de biologie médicale et d’histologie-anatomie pathologique au bénéfice de l’ensemble des patients des pôles cliniques des Hôpitaux Universitaires Henri Mondor et des prescripteurs externes. Le LBM dispose d’une gestion commune favorisant la concertation entre spécialités, la collaboration entre catégories professionnelles, l'optimisation des moyens et l'adaptabilité face aux évolutions de la médecine, de la biologie médicale et de l’anatomie pathologique.

Le DMU est organisé en 5 départements ; dirigées par des Biologistes/Pathologistes médicaux :

  • Pathologie
  • Biochimie-Pharmacologie, Biologie moléculaire, Génétique médicale
  • Hématologie Immunologie Biologiques
  • Prévention, Diagnostic, traitement des infections
  • PRB-Innovation
  •  
  • 1 plate-forme « Génomiques »
  • 1 Laboratoire des examens externalisés

 

 

SERVICE

PRESENTATION

La plateforme de génomique assure une activité de service de PCR et de séquençage transversal partagée entre le département de génétique, le département de pathologie, le département d’hématologie-immunologie biologiques et de microbiologie. Elle assure plus particulièrement les examens de diagnostic innovant par techniques de séquençage à haut débit.

 


COMPOSITION DE L’EQUIPE

  • 1 biologiste responsable (Dr Christophe Rodriguez)
  • 1 cadre de santé (Corinne Marie)
  • 5 techniciens de laboratoire
  • 3 ingénieurs en biologie
  • 3 ingénieurs bio-informatique

 

LIAISONS

HIERARCHIQUE DIRECT (N+1)

Cadre de santé plateforme génomique


FONCTIONNELLES

L’équipe médicale et paramédicale du DMU Biologie-Pathologie, Direction des systèmes d’information

Le poste

INTITULE DU POSTE

Bio-informaticien

 

METIER

Bio-informaticien

 

CODE METIER

05L80

 

GRADE

Ingénieur

 

ACTIVITES

MISSIONS GÉNÉRALES :

  • Développer et maintenir des pipelines d’analyse de données génétiques constitutionnelle et somatique (ou oncogénétique);
  • Contribuer au fonctionnement de l’équipe Bioinformatique de la PF 
  • Réécriture / optimisation de pipelines d’analyses avec mise en place de conteneurs et de tests unitaires, jeux de validation
  • Développement d’outils spécifiques au diagnostic clinique avec recherche bibliographique, évaluation d’outils publiés, mise en place d’approches originales

MISSIONS PERMANENTES

  • Développement des progiciels et programmation nécessaires à l'exploitation des données biologiques et médicales, conformément aux recommandations des sociétés savantes
  • Paramétrage des outils, logiciels, systèmes relevant de son domaine d'activité
  • Traitement et analyse de l'information/données médicales et/ou biologiques
  • Veiller au maintien des outils bio-informatiques lors des pannes pouvant survenir.
  • Formation de personnes aux techniques et procédures de son domaine, et à leur application

MISSIONS PONCTUELLES OU SPÉCIFIQUES :

  • Participe à des congrès concernant son domaine d’activité
  • Evalue la faisabilité des projets avec l’équipe médicale et paramédicale
  • Participe aux études et aux travaux dans son domaine de recherche
  • Participe à la diffusion et valorisation des résultats (rapports, publications, communications).

 

QUOTITE DE TRAVAIL

Poste à temps plein

 

 

HORAIRES DE TRAVAIL

Forfait - 7h36, sur la plage horaire de 8h00 à 19h00, en fonction des besoins du secteur d’activité, du lundi au vendredi.

Le profil

COMPETENCES REQUISES

SAVOIR FAIRE REQUIS

  • Maîtriser l’environnement linux
  • Maîtriser au moins l’un des langages de programmation suivants (idéalement avoir de l’expérience sur plusieurs d’entre eux) : python, java, R ou autre langage orienté objet
  • Utilisation des outils de développement collaboratif (git)
  • Connaissance d’un langage de workflow (nextflow (idéalement) ou snakemake)
  • Connaissances de base en génétique constitutionnelle et somatique et concernant les données de séquençage à haut débit, intérêt pour le travail en milieu hospitalier.

CONNAISSANCES ASSOCIEES

  • Maîtrise de l’anglais scientifique
  • Des compétences dans l’un ou plusieurs domaines suivants seraient un gros plus : utilisation de cluster de calcul (SLURM ou autre)
  • Concevoir et modéliser une solution informatique, à partir d'un besoin métier
  • Programmer dans différents environnements informatiques
  • Utiliser les logiciels métiers
  • Adapter et optimiser le fonctionnement des équipements, des installations, des systèmes, des méthodes de travail dans son domaine de compétence
  • Concevoir, actualiser, optimiser une base de données, relatives à la nature de ses activités
  • Analyser les propriétés moléculaires et cellulaires des données biologiques
  • Rechercher, sélectionner, exploiter et capitaliser les informations liées à la veille dans son domaine d'activité
  • Conduire et animer des réunions
  • Travailler en équipe/en réseaux

PRE-REQUIS

  • DIPLOME / FORMATION : Niveau Bac+5 (Master 2, Ecole d'ingénieur…) en bioinformatique.

 

  • EXPERIENCE CONSEILLEE : Une première expérience en analyses de données NGS est souhaitée.

 

  • QUALITES REQUISES :
    • Conscience professionnelle, rigueur, esprit de synthèse et sens pratique
    • Méthode, organisation, sens des responsabilités, adaptation.
    • Esprit d’équipe, disponibilité, sens du service public.
    • Aptitude à communiquer
    • Investissement dans le travail
    • Volonté de formation pour s’adapter aux changements d’organisation.

 

 

 

 

 

GESTION DE LA PREVENTION DES RISQUES PROFESSIONNELS

 

FORMATIONS A LA SECURITE ET A LA SANTE LIEES AU TRAVAIL


Formation aux risques chimiques et biologiques, mise à disposition d’équipements de protection individuelle et collective.
 

 

Formation sécurité incendie.