Depuis plus de 30 ans le CHU de Nantes conduit une politique très volontariste pour assurer le développement de la recherche biomédicale sur le site. Il compte aujourd’hui parmi les 10 CHU les plus forts chercheurs de France. Il tire notamment sa force de son écosystème : le CHU de Nantes est le seul CHU membre d’un établissement public expérimental (EPE), Nantes Université, labélisé depuis 2022 I-Site autour d’un projet ambitieux sur la santé et l’industrie du futur.

Au sein du CHU de Nantes, la Direction de la recherche et de l’innovation (DRI) du CHU de Nantes contribue activement à la mise en œuvre stratégique et opérationnelle de ces enjeux. Elle est organisée en 5 départements : Grands programmes Nationaux & Européens, Innovation & Développement, Investigation & Recherche translationnelle, Promotion, Ressources & Support.

La Clinique des Données (C2D) du CHU de Nantes rassemble des expertises en santé, épidémiologie clinique, biostatistiques, traitement du langage naturel et bases de données massives. Elle accompagne les investigateurs dans leurs projets d’étude utilisant des données issues de la recherche, des bases médico-administratives ou du soin. Il peut s’agir de données produites directement par le CHU de Nantes ou provenant d’autres grandes bases de données telles que les données nationales de l’Assurance Maladie, accessibles grâce au SNDS (Système National des Données de Santé), mais aussi de projets multicentriques impliquant d’autres partenaires.

La C2D a pour objectif d’une part d’accompagner les investigateurs sur les plans méthodologique et statistiques, et d’autre part d’identifier, de faciliter l’accès et d’exploiter au mieux les données correspondant à la question médicale posée. La C2D intervient le plus fréquemment sur des projets à finalité de recherche médicale et scientifique mais peut couvrir tout besoin inhérent à un CHU, notamment dans les domaines du soin, du pilotage ou encore de la veille sanitaire.

Parmi ces tâches, et selon l’organisation proposée par la CNIL, la C2D gère pour le compte du CHU de Nantes l’accès et l’exploitation de son entrepôt de données de santé issues du soin (EDS). Cet entrepôt rassemble des données mobilisées pour le soin au sein de l’établissement. L’équipe utilise notamment la solution logicielle eHOP déployée dans différents établissements hospitaliers du Grand Ouest ainsi que dans d’autres établissements sur le territoire national. Les données peuvent être structurées (anthropométrie, valeurs biologiques, codes diagnostiques) mais aussi non structurées sous forme de texte libre.

Mission principale :

Accompagner les investigateurs dans l’identification, la récupération et le traitement des données de santé issues du soin (EDS), de la recherche, ou de données administratives (PMSI/ATIH), et accompagner leur valorisation scientifique selon une méthodologie adaptée et dans le respect des contraintes règlementaires, éthiques et de sécurité, en lien avec les épidémiologistes, biostatisticien.nes, et bio-informaticien.nes associé.es au projet.

Missions spécifiques :

1. Compréhension du besoin exprimé par les équipes sollicitant des données de santé ;
2. Par exemple : un.e investigateur.trice souhaite identifier des patients présentant une insuffisance cardiaque et suivis au CHU de Nantes, puis connaître les administrations médicamenteuses et les résultats biologiques hospitaliers dans cette population ;
3. Planification, développement et réalisation de l’identification puis l’extraction de données de santé en rapport avec ce besoin ;
4. Par exemple : planification et exécution de la tâche précédente, en étant capable d’en décrire les limites ;
5. Dénombrement et screening mixte par langage de requête SQL (compétence attendue) et/ou de l’application eHOP (formation assurée dans l’équipe) ;
6. Par exemple : identification simple d’une population de patients présentant une maladie spécifique, permettant d’acter notre capacité à participer à un essai clinique (dénombrement) ou en vue de leur proposer l’inclusion dans un essai clinique (screening = identification des potentiels intéressés) ;
7. Rédaction, développement et suivi des protocoles de recherche, pour les volets liés aux données (circuit des données, dictionnaire des variables) ;
8. Par exemple : formalisation de l’écriture des tâches précédentes à destination d’un public scientifique ;
9. Communication et diffusion des résultats avec les équipes de recherche concernées ;
10. Par exemple : savoir illustrer les limites inhérentes aux données, différence entre prescription et administration hospitalière, traitement habituel et ordonnance de sortie ;
11. Support à la recherche de financement et réponses aux appels d’offres ;
12. Participation à des réseaux de recherches, dont l’inter-région HUGO ;
13. Veille méthodologique/scientifique en traitement et analyse de données ;
14. Par exemple : s’intéresser à l’évolution des standards de codage de la biologie ou des traitements médicamenteux